Software Modules
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module avail
| Package Name | Versions |
|---|---|
| 454 | 2.9(default) |
| ABYSS | 1.5.2 1.9.0 2.0.2(default) |
| ALLMAPS | 0.5.5(default) |
| ASTRAL | 4.10.12(default) 4.10.7 4.7.12 4.7.8 |
| AlignGraph | 2015-06-01(default) |
| BBMap | 35.49(default) |
| BMGE | 1.12(default) |
| Beagle | 4.0(default) |
| Bio++ | 2.2.0(default) |
| CGAL | 0.9.6(default) |
| DISCOVAR | 52488(default) |
| DISCOVARdenovo | 52488(default) |
| EIG | 6.1.4(default) |
| EVM | 1.1.1 r2012-06-25(default) |
| ExaML | 3.0.11 3.0.15 3.0.17(default) |
| FALCON | 0.2.1 3a8a9cc(default) |
| GAEMR | 1.0.1(default) |
| GAG | 1.0 1.1 live(default) |
| GAL | 0.2.2(default) |
| GARM | 0.7.5(default) |
| GraphMap | 0.3.1(default) |
| HAMR | 1.2(default) |
| HMMSeg | 2007-07-26(default) |
| I-TASSER | 4.4(default) |
| ITSx | 1.0.11(default) |
| JAGS | 4.2.0(default) |
| KronaTools | 2.7(default) |
| LDhat | 2.2a(default) |
| LINKS | 1.8.4(default) |
| MOSAIK | 1.0.1388 2.2.26(default) |
| MP-EST | 1.5(default) |
| MaSuRCA | 3.1.3 3.2.1 3.2.1_12082016(default) |
| NxTrim | v0.4.1-53c2193(default) |
| OMA | 0.99.z.3(default) |
| OWLTools | 2015-10-02(default) |
| PASA | 2.0.2(default) |
| PBSuite | 15.8.24(default) |
| PRIAM | aug-2010(default) |
| PartitionFinder | 2.0.0-pre10 2.0.0-pre13(default) |
| PeakAnalyzer | 1.4(default) |
| PeakAnnotator | 1.4(default) |
| PeakSplitter | 1.0(default) |
| QUAST | 3.2 4.0 4.4(default) |
| R | 2.15.3 3.0.2 3.1.3 3.2.0 3.2.1-dev 3.2.2 3.2.3-dev 3.3.0(default) 3.3.0-dev |
| RAxML | 8.1.20 8.2.3 8.2.4 8.2.8(default) |
| RDPTools | 2.0.2(default) |
| RECON | 1.08(default) |
| REDUCE_suite | 2.0(default) |
| RepeatMasker | 1.0.8 4-0-5(default) 4-0-6 |
| RepeatModeler | 1.0.8(default) |
| RepeatScout | 1.0.5(default) |
| SCUBAT | 2013-03-21(default) |
| SNAP | 2013-11-29(default) |
| SOAPdenovo2 | r240(default) |
| SPAdes | 3.6.1 3.6.2 3.7.1 3.8.0 3.9.0(default) |
| STAR | 2.5.0a(default) |
| SeqPrep | 1.2(default) |
| ShortStack | 3.4(default) |
| TARGeT | 2.00 2.10(default) |
| VAAST | 2.1.6(default) |
| admixture | 1.3.0(default) |
| allpathslg | 52488 |
| amber | 14(default) |
| amira | 6.0.1(default) |
| amos | 3.1.0(default) |
| anaconda2 | 4.1.1(default) |
| antismash | 2.1.1(default) 3.0.4 |
| arachne | 46233(default) |
| aragorn | 1.2.36(default) |
| arpackpp | 88085d9(default) |
| aspera | 3.3.3 3.6.0(default) |
| augustus | 2.7 3.0.3 3.1(default) 3.2.2 |
| autodock_vina | 1.1.2(default) |
| automake | 1.15(default) 1.4 |
| bam2fastq | 1.1.0(default) |
| bamtools | 2.4.0(default) |
| bayenv | 20160108(default) |
| bayesass | 3.0.4(default) |
| bcftools | 1.2 1.3.1(default) |
| bcl2fastq | 2.17(default) |
| beagle | 3.3.2 4.1(default) |
| beagle-lib | 2.1 2.1.2(default) |
| beast | 1.8.1 1.8.2 2.1.2 2.2.1(default) 2.3.1 |
| bedops | 2.4.14(default) |
| bedtools | 2.24.0 2.25.0(default) 2.26.0 2.26.0_20bda10 |
| bfast | 0.7.0a(default) |
| bgc | 1.03(default) |
| bismark | 0.14.3(default) |
| blasr | 5.2(default) 81d8eef |
| blat | 35(default) |
| blobtools | 0.9.17 0.9.19.4(default) 0.9.9 |
| boost | 1.44.0 1.59.0 1365(default) |
| bowtie | 1.1.1(default) |
| bowtie2 | 2.2.5 2.2.9(default) |
| braker | 1(default) |
| breakdancer | 1.3.6(default) |
| busco | 1.1 1.2(default) 2.0 |
| bwa | 0.7.12(default) |
| cabal | 1.22.4.0(default) |
| cafe | 3.1(default) |
| caffe | 2014(default) |
| canu | 1.3(default) ce77820 |
| cap3 | 2015.4.24.amd(default) 2015.4.24.intel |
| capnproto | 0.5.3(default) |
| cd-hit | 3.1.1 4.6.4(default) |
| cdbfasta | 06272015(default) |
| cegma | 2.5(default) |
| censor | 4.2(default) |
| chlorop | 1.1(default) |
| circos | 0.69(default) |
| clumpp | 1.1.2(default) |
| cndsrc | 2013-01-11(default) |
| cnv-seq | 2014-08-12(default) |
| cnvnator | 0.3.2(default) |
| coevol | 1.4b(default) |
| coils | 2.2(default) |
| cuda | 7.0(default) |
| cufflinks | 2.2.1 b55bb21(default) |
| db-diamond | 20161103(default) |
| db-kaiju | 20170113-e |
| db-ncbi | 20140623 20150112 20160708(default) |
| db-panther | 10.0(default) |
| db-pfam | 2013-03-14(default) 2015-07-27 27.0 28.0 |
| db-priam | mar15(default) |
| db-trinotate | r20150720(default) |
| db-uniprot | 2014_12 2015_01 2015_02 2015_03 2015_04 2015_05 2016_11(default) |
| deconseq | 0.4.3(default) |
| deepnano | abdb35f(default) |
| detonate | 1.9(default) |
| diamond | 0.7.10 0.8.17 0.8.23(default) |
| disopred | 3.16(default) |
| distruct | 1.1(default) |
| diyabc | 2.1.0(default) |
| ea-utils | 1.1.2-537(default) |
| eigen | 3.2.10(default) |
| emboss | 6.6.0(default) |
| emmax | 07032010(default) |
| esom | 1.1 |
| espresso | 5.3.0(default) |
| etetoolkit | 20160331 20160926(default) |
| exonerate | 2.2.0(default) 2.4.0 |
| express | 1.5.1(default) |
| fasta | 36.3.7a(default) |
| fastq-join | db84274(default) |
| fastq-tools | 0.7(default) |
| fastq_screen | 0.5.2(default) |
| fastqc | 0.11.3(default) |
| faststructure | 1.0_e47212f(default) |
| fasttree | 2.1.8(default) |
| fastx_toolkit | 0.0.13(default) |
| fermikit | r178(default) |
| fftw | 3.3.5(default) |
| figtree | 3.1.4(default) |
| flash | 1.2.11(default) |
| flux-simulator | 1.2.2(default) |
| fraggenescan | 1.30(default) |
| freebayes | 9.9.2(default) |
| freec | 9.5(default) |
| fsa | 1.15.9(default) |
| funannotate | 0.4.0 0.5.1 0.5.3 0.5.4(default) git-live |
| g-phocs | 1.2.3(default) |
| gadgetviewer | 1.0.6(default) |
| gapcloser | 1.12-r6(default) |
| gapfiller | 1.10(default) |
| garli | 2.1 |
| gatk | 3.3-0 3.3.0 3.4-0 3.4-46 3.4.0 3.4.46 3.5 3.6(default) |
| gatk-queue | 3.3-0 3.4-46 3.6(default) |
| gblocks | 0.91b(default) |
| geneid | 1.4.4(default) |
| genemarkESET | 4.32(default) |
| genemarkHMM | 2.3e 4.21 4.32(default) |
| genemark_suite | 2.5p(default) |
| genewise | 2.4.1(default) |
| genomemapper | 0.4.4(default) |
| genometools | 1.5.6(default) |
| ggobi | 2.1.11(default) |
| git | 2.8.0(default) |
| git-lfs | 0.5.4 1.0.2 1.1.1 1.4.1(default) |
| glimmer | 2.13 3.02(default) |
| glimmerhmm | 3.0.2 3.0.4(default) |
| gmap | 2014.12.28 2015.09.10 2015.12.31(default) |
| gnuplot | 5.0.1(default) |
| gottcha | v20150825(default) |
| graphlan | 7659c52(default) |
| gromacs | 5.1.1(default) 5.1.4 5.1.4-cuda |
| gurobi | 6.5.1(default) |
| harvest-tools | 1.2(default) |
| hdf-java | 3.2.1(default) |
| hisat2 | 2.0.1 2.0.5(default) |
| hmmer | 1.8.5 2 2.3.2 3 3.0 3.1b2(default) |
| homer | 4.8(default) |
| htslib | 1.2.1 1.3 1.3.1(default) |
| hub | 2.2.0-44-gb0f092a(default) |
| humann | 0.99(default) |
| hydra | 3.1.4(default) |
| icommands | iPlant(default) |
| idba | 1.1.3(default) |
| iigb_utilities | 1(default) |
| ima2p | 2015-10-19(default) |
| impute2 | 2.3.2(default) |
| infernal | 1.1.1(default) |
| instruct | 20160119(default) |
| intel | 10.1(default) |
| interproscan | 5.11-51.0 5.13-52.0 5.14-53.0 5.15-54.0 5.20-59.0(default) |
| iprscan | 5.11-51.0 5.13-52.0 5.14-53.0 5.15-54.0 5.20-59.0(default) |
| itpp | 4.3.1(default) |
| japsa | v1.6-10a(default) |
| java | 6 6u43 7 7u40(default) 8 8u25 |
| jellyfish | 1.1.11 2.2.0(default) |
| kaiju | 1.4.4(default) f81d2ca |
| kalign | 2.04(default) |
| kallisto | 0.42.4(default) |
| kent | 318(default) |
| lammps | 16Feb16(default) |
| last | 737 755(default) |
| lefse | 2a63b32(default) |
| less-highlight | 1.0(default) |
| libpll | 1.0.11(default) |
| libsequence | 1.8.5(default) |
| libsvm | 3.20(default) |
| linkimpute | 1.1.1(default) |
| lp_solve | 5.5(default) |
| mafft | 7.221 7.222 7.271(default) |
| magic-blast | 1.0.0(default) |
| main/R | 3.2.3-dev |
| maker | 2.28 2.31.8 |
| mapsembler2 | 2.2.4(default) |
| mash | 1.1.1(default) |
| masurca | 2.3.2(default) |
| maui | 3.3.1(default) |
| maxbin | 2.2.1(default) |
| mcl | 14-137(default) |
| mcscan | 4cfe0f5(default) |
| megahit | 1.0.6 1.1.1(default) |
| meme | 4.10.1(default) |
| metabat | 0.32.4 |
| microbiometil | r20110519(default) |
| migrate-n | 3.6.11 4.2.8(default) |
| mira | 4.0.2(default) |
| miranda | 3.3a(default) |
| mirdeep | 2.0.0.8(default) |
| mitoprot | 1.101(default) |
| mothur | 1.36.1(default) |
| mpiblast | 1.6.0(default) |
| mpich | 3.1.4(default) |
| mrbayes | 3.2.6(default) |
| msABC | 20120315(default) |
| msbayes | 20140305(default) |
| multigems | 1.0(default) |
| mummer | 3.23(default) |
| muscle | 3.8.425(default) |
| mutt | 1.5.23(default) |
| namd | 2.10(default) 2.10_cuda 2.10_gpu |
| nanopolish | v0.5.0-45-g6406f78(default) |
| ncbi-blast | 2.2.25+ 2.2.26 2.2.26+ 2.2.29+ 2.2.30+(default) 2.2.31+ 2.3.0+ 2.4.0+ 2.5.0+ |
| ncbi-rmblast | 2.2.28(default) |
| ncbi_tools | 1.9(default) |
| nseg | 6-21-1998(default) |
| oases | 0.2.09(default) |
| octave | 4.0.0(default) |
| openbabel | 2.3.2(default) |
| opencv | 3.1.0(default) |
| openmpi | 2.0.1-slurm-16.05.4(default) |
| openmx | 3.8(default) |
| orthomcl | 2.0.9(default) |
| pagan | 0.56(default) |
| paml | 4.8a 4.9(default) |
| pantherscore | 1.03(default) |
| parallel | 20151222(default) |
| pbs-drmaa | 1.0.18(default) |
| pbwa | 1.21009(default) |
| pbzip2 | 1.1.12(default) |
| pdsh | 2.29(default) |
| peakseq | 1.31(default) |
| pear | 0.9.10(default) |
| pecnv | 0.1.8(default) |
| perl | 5.16.3 5.20.2(default) 5.22.0 5.24.0 |
| phase | 2.1.1(default) |
| phobius | 1.01(default) |
| phonopy | 1.10.0(default) |
| phred-phrap-consed | 0.990329(default) |
| phylip | 3.696(default) |
| phylobayes | 3.3f 4.1c(default) mpi-1.5a mpi-1.7a mpi-1.7b |
| phyml | 3.1(default) |
| picard | 1.130 2.6.0(default) |
| pilon | 1.20(default) |
| pindel | 0.2.5a7(default) |
| pipits | 1.4.0(default) |
| pita | 6(default) |
| plink | 1.07 1.90b3.38(default) 1.90b3v |
| poreminion | 0.4.4(default) |
| primer3 | 2.3.6(default) |
| prinseq | 0.20.4(default) |
| prodigal | 2.6.2(default) |
| prokka | 1.11(default) |
| proteinortho | 5.15(default) |
| provean | 1.1.5(default) |
| python | 2.7.12 2.7.5(default) 3.4.3 3.6.0 |
| qiime | 1.9.1(default) |
| qualimap | 2.1.3(default) |
| rascaf | 1.0.2(default) |
| ratt | 20160928 |
| rclone | 1.33(default) |
| repet | 2.5(default) |
| ribotaper | 1.3.1(default) |
| rna-seqc | 1.1.8(default) |
| rnammer | 1.2(default) |
| root | 6.06.06(default) |
| rsem | 1.2.21(default) |
| rstudio | 0.99.451(default) |
| ruby | 2.3.0(default) |
| sailfish | 0.8.0(default) |
| salmon | 0.5.1(default) |
| sambamba | 0.5.9(default) |
| samtools | 0.1.19 1.2 1.3(default) |
| sas | 9.4(default) |
| scythe | 0.981(default) |
| selestim | 1.1.4 |
| seqmonk | 0.34.1 |
| seqtk | 281537b(default) |
| sequin | 15.10(default) |
| sga | 0.10.14(default) |
| shapeit | 2.12(default) |
| shoremap | 3.0(default) |
| sickle | 1.33(default) |
| signalp | 3.0 4.1c(default) |
| sim4 | 2012-10-10(default) |
| slurm | 16.05.4(default) |
| smalt | 0.7.6(default) |
| smis | 2015-01-08(default) |
| snap | 0.15.4(default) |
| snoscan | 0.9b(default) |
| snpEff | 4.1G 4.1K(default) |
| soap2 | 2.20(default) |
| soapsv | 20120824 |
| sortmerna | 2.0(default) |
| spectra | git-5138871(default) |
| speedseq | a95704a(default) |
| sprkkr | 6.3.2(default) |
| sratoolkit | 2.5.0 2.8.1(default) |
| sspace-standard | 3.0(default) |
| stacks | 1.19 1.32(default) 1.40 |
| stampy | 1.0.2(default) |
| stringtie | 1.2.4(default) |
| structure | 2.3.4(default) |
| subread | 1.4.6(default) |
| surface-evolver | 2.70(default) |
| tRNAscan | 1.23 1.3.1(default) |
| tabix | 0.2.6(default) |
| targetp | 1.1(default) |
| tbl2asn | 24.3 24.9(default) |
| tcoffee | 10.00.r1613(default) |
| tedna | 1.2.2(default) |
| tmhmm | 2.0c(default) |
| tmux | 2.2(default) |
| tophat | 2.0.14 2.1.1(default) |
| torque | 4.2.7 5.1.0(default) |
| transdecoder | 2.0.1 3.0.0(default) |
| treebest | 1.9.2(default) |
| trf | 4.04 4.07b(default) |
| trim_galore | 0.4.1 0.4.2(default) |
| trimal | 1.4.1(default) |
| trimmomatic | 0.33(default) |
| trinity-rnaseq | 2.0.1 2.0.6 2.1.1 2.2.0 2.3.2(default) d9565c6 r2013-02-25 |
| trinotate | 2.0.2 3.0.1(default) |
| ufits | 0.5.5 0.5.6 0.6.1 0.7.0 0.7.4(default) |
| usearch | 8 8.0.1623_32bit 8.1.1861_32bit 9 9.0.2132_i86linux32 9.1.13_i86linux32(default) |
| validator | 936077c(default) |
| varscan | 2.3.9(default) |
| vcflib | 20160719(default) 2ba1c50b5d |
| vcftools | 0.1.13(default) |
| velvet | 1.2.10(default) |
| velvetoptimiser | 2.2.5(default) |
| viennarna | 2.1.9(default) |
| vim | 7.4 7.4.1952(default) |
| vsearch | 1.10.2 1.11.1 2.3.2(default) |
| weblogo | 2.8.2(default) |
| wgs-assembler | 8.3rc1 8.3rc2(default) |
| wgsim | 0.3.1-r13(default) |
| wien2k | 14.2(default) |
| wiggletools | 8088a17(default) |
| wu-blast | 2006-04-19(default) |
| xband | 6.3(default) |
| yeppp | 1.0.0(default) |
| zorro | 2.2(default) |
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